Depuis 2008, l’ADEME et le Conseil Régional accompagnent le développement de la filière méthanisation en Aquitaine, en s’appuyant dès l’origine sur l’expertise de l’APESA. Ce soutien s’est concrétisé en 2011 par un dispositif dédié : METHAQTION. Celui-ci visait à développer, en Région Aquitaine, un ensemble de projets de méthanisation cohérents, tant d’un point de vue territorial qu’économique.
Avec la fusion des régions survenue en 2016, ce dispositif (dont le nouveau nom reste à définir par les financeurs) est étendu au territoire de la Nouvelle Aquitaine. L’APESA a été renouvelée, via appel d’offre, dans ses fonctions d’expert technique régional.